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Use of genomic recursions and algorithm for proven and young animals for single‐step genomic BLUP analyses – a simulation study 下载免费PDF全文
B.O. Fragomeni D.A.L. Lourenco S. Tsuruta Y. Masuda I. Aguilar I. Misztal 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2015,132(5):340-345
The purpose of this study was to examine accuracy of genomic selection via single‐step genomic BLUP (ssGBLUP) when the direct inverse of the genomic relationship matrix ( G ) is replaced by an approximation of G ?1 based on recursions for young genotyped animals conditioned on a subset of proven animals, termed algorithm for proven and young animals (APY). With the efficient implementation, this algorithm has a cubic cost with proven animals and linear with young animals. Ten duplicate data sets mimicking a dairy cattle population were simulated. In a first scenario, genomic information for 20k genotyped bulls, divided in 7k proven and 13k young bulls, was generated for each replicate. In a second scenario, 5k genotyped cows with phenotypes were included in the analysis as young animals. Accuracies (average for the 10 replicates) in regular EBV were 0.72 and 0.34 for proven and young animals, respectively. When genomic information was included, they increased to 0.75 and 0.50. No differences between genomic EBV (GEBV) obtained with the regular G ?1 and the approximated G ?1 via the recursive method were observed. In the second scenario, accuracies in GEBV (0.76, 0.51 and 0.59 for proven bulls, young males and young females, respectively) were also higher than those in EBV (0.72, 0.35 and 0.49). Again, no differences between GEBV with regular G ?1 and with recursions were observed. With the recursive algorithm, the number of iterations to achieve convergence was reduced from 227 to 206 in the first scenario and from 232 to 209 in the second scenario. Cows can be treated as young animals in APY without reducing the accuracy. The proposed algorithm can be implemented to reduce computing costs and to overcome current limitations on the number of genotyped animals in the ssGBLUP method. 相似文献
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在问卷调查和数据统计的基础上,分析了我国兽药科技创新主体、创新模式、国家课题安排、成果转化情况,总结了兽药科技成果转化实践经验,探讨了现有体制机制下兽药科技创新与科技成果转化存在的问题并提出建议,以期为相关工作提供参考。 相似文献
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为提高紫花苜蓿(Medicago sativa)的抗逆性,利用在朝鲜碱茅(Puccinellia chinampoensis)已克隆的Pu P5CS基因成功构建了p CAMBIA3300-Pu P5CS表达载体,以子叶为外植体,通过农杆菌介导共培养法转化紫花苜蓿"公农5号"(M.sativa cv.Gongnong No.5),并以2.0 mg·L-1的草铵膦进行筛选,抗性愈伤组织诱导率为22.4%,经草铵膦筛选的植株进行PCR检测和RT-PCR检测。结果显示,共获得11株转化植株,表明Pu P5CS基因已转入T0紫花苜蓿植株,且能够在RNA水平上正常表达。 相似文献
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为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides)3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18个微卫星位点共获得44个等位基因。Sp0、Sp2、Sp3和Sp4的平均观测杂合度(H_o)分别为0.4895、0.4802、0.4579和0.4206,平均期望杂合度(H_e)分别为0.4615、0.4454、0.4621和0.3916,平均多态信息含量(PIC)分别为0.3791、0.3659、0.3764和0.3257。4个群体间的配对比较群体间遗传分化指数(F_(st))值在0.01612~0.16162之间、遗传距离(D_a)在0.0249~0.1434之间。遗传变异来源(AMOVA)分析显示,只有8.38%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。研究表明,经连续多代选育之后,易驯食配合饲料的快长大口黑鲈选育群体具有中度遗传多样性,具备选育潜力,可继续进行选育。 相似文献
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为了鉴定青贮玉米品质性状间的相关和依附关系,对14份青贮玉米材料的22个品质性状检测分析,并进行一般描述统计、遗传变异、相关性及主成分分析。结果表明,参试青贮玉米各品质性状中,脂肪、钾、木质素、淀粉含量的变异系数较大,分别为0.20、0.19、0.17和0.16,表明这些性状在品种遗传选育进程中有较大的改良空间;消化率及能量品质相关性状的变异系数介于0.03~0.08,表明这部分性状难以得到遗传改良;青贮玉米品质性状间相关性较大,适宜采用主成分分析保留品质性状的最重要方面。对测试的22个品质性状进行主成分提取,前3个主成分的累积贡献率达到91.29%,分别代表了青贮玉米的饲用价值、微量元素及粗蛋白成分。 相似文献
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将杨梅果实中参与花色苷生物合成的转录因子编码基因MrMYB1和MrbHLH1同时搭载到双元表达载体的多克隆位点内,重组成双价表达载体,通过农杆菌介导的叶盘法将其分别转入烟草、番茄和森林草莓,成功转化MrMYB1-MrbHLH1的烟草、番茄和森林草莓不定芽因大量积累花色苷而呈红色,与野生型或假阳性不定芽相比,表型差异明显;转化35S::MrMYB1-MrbHLH1的烟草和番茄植株中可显著积累花色苷呈红色,且该性状可稳定遗传。MrMYB1-MrbHLH1在3种园艺植物具有调控花色苷积累而使阳性转化植物部分组织器官呈现红色的功能,是1个有潜力的遗传转化可视化报告基因。 相似文献
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为了明确花瓣的伸展机制,以‘凤丹白’牡丹(Paeonia ostii)为研究对象,借助傅里叶变换红外光谱(Fourier Transformation Infrared Spectroscopy,FTIR)及高斯多峰拟合,分析蕾期、初开期和盛开期花瓣的波谱特征及蛋白质二级结构的差异性。主要结果如下:随着花朵开放花瓣伸展,777、1 105、1 155、1 243、1 447、1 651、1 740、2 853和2 926 cm~(-1)处的振动峰振动依次增强,表明磷脂质、核酸、脂类和蛋白质等代谢物质随花瓣的伸展逐渐增强;且蕾期1 030 cm~(-1)处的振动峰在花开后移至1 060 cm~(-1),表明蕾期花瓣细胞壁多糖以甘露聚糖为主,花朵开放后则以阿拉伯糖为主。蛋白质中甲基基团含量(A2 951 cm~(-1)/A 2 858 cm~(-1))出现平稳下降的趋势,初开期比蕾期减少7.97%,盛开期减少13.38%;糖蛋白的变化(A 1 083 cm~(-1)/A 1 547 cm~(-1))也呈现下降趋势,推测‘凤丹白’牡丹是通过蛋白质糖基化作用调控花瓣的伸展过程。对氨基Ⅰ区域(1 600~1 700 cm~(-1))高斯多峰拟合数据显示,各阶段花瓣中均含有果胶相连的β–折叠、β–折叠、无规卷曲、α–螺旋及环与转角;α–螺旋、β–折叠及无规卷曲所占比例在花瓣伸展过程中呈现增长趋势,表明蕾期花瓣通过降低α–螺旋应对缺水造成的生理胁迫,并可以利用ATP合成花瓣生长发育所需的物质;花瓣通过形成更多功能域较多的蛋白质,有效调控花瓣伸展时复杂的生物化学过程。 相似文献
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本研究选用小黑麦小孢子作为供试材料,进行细胞穿透肽介导的植物单倍体细胞遗传转化可行性研究。提取单核靠边期的小黑麦小孢子进行悬浮培养,将细胞穿透肽与报告基因GFP的表达框复合物对小孢子进行转化。转化植株进行了PCR分子检测,并在荧光体视显微镜下观察外源GFP基因的表达情况。共获得21株候选转基因植株,其中染色体自然加倍植株为10株。T1代加倍植株的PCR检测结果显示,加倍的转基因株系中有3个株系的PCR检测结果呈阳性。通过荧光体视显微镜可在转基因植株的幼胚部位观测到GFP蛋白的荧光。以上结果表明外源GFP基因已经整合到小黑麦基因组上并且得到表达并稳定遗传。因此,由细胞穿透肽介导的植物单细胞转化是一种有效、可行的植物单细胞转基因方法。 相似文献